このツールについて
タンパク質分子量・pI 計算ツールは、タンパク質やペプチドの分子量と理論的等電点を、その1文字表記のアミノ酸配列から計算する、無料のブラウザ内ツールです。配列を貼り付けると、ダルトンおよびキロダルトン単位の重量、残基数の長さ、推定 pI、アミノ酸組成を返します。すべての計算はブラウザ内でローカルに行われ、配列はどこにも送信されません。
分子量は 20 種類の標準的な平均残基質量の合計（例：Ala 71.08、Gly 57.05、Trp 186.21 Da）に、遊離の N 末端と C 末端のための水 18.02 Da を加えたものです。等電点は、イオン化可能な基 — N 末端、C 末端、および Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys, Arg の側鎖 — にわたって、ヘンダーソン・ハッセルバルヒの式で正味電荷を pH の関数として書き、標準的な pKa 値を用いてから、正味電荷がゼロを横切るまで pH を 0 から 14 の間で二分することで求められます。
正の基（N 末端, His, Lys, Arg）は 1/(1+10^(pH−pKa)) を、負の基（C 末端, Asp, Glu, Cys, Tyr）は −1/(1+10^(pKa−pH)) を寄与します。pI は理論的な推定値であり、実際の値は温度・イオン強度・翻訳後修飾によって変動しますが、この配列のみの方法ではそれらをモデル化しません。
よくある質問
分子量はどのように計算されますか？
配列中の 20 種類のアミノ酸の平均残基質量を合計し、末端の水として 18.02 Da を加えて、ダルトン単位の平均分子量を与えます。1000 で割るとキロダルトンになります。
等電点はどのように求められますか？
正味電荷を、標準的な pKa 値を用いてイオン化可能な基にわたるヘンダーソン・ハッセルバルヒ項の和として書き、正味電荷がゼロになる点を見つけるために pH を 0 から 14 の間で二分します。その pH が pI です。
どの基が pI に影響しますか？
N 末端と C 末端に加え、アスパラギン酸（D）、グルタミン酸（E）、システイン（C）、チロシン（Y）、ヒスチジン（H）、リジン（K）、アルギニン（R）の側鎖です。それらの数と pKa 値が、正味電荷がゼロを横切る場所を決めます。
推定 pI はどれくらい正確ですか？
配列のみから得られる理論値で、通常は測定値の数十分の一 pH 単位以内です。立体構造・修飾・温度・イオン強度を無視するため、目安として扱ってください。